Para los ecologistas el proyecto tampoco ha sido sometido a una evaluación ambiental estratégica, porque afectaría al monumento natural del barranco de Fasnia y Güímar y al monumento natural de Guaza y otros espacios que, sin proteger, son de interés ecológico como son toda la red de barrancos -pasados los túneles-de Güímar en dirección sur, "de enorme valor paisajístico y de gran biodiversidad, que se verían arrasados por el proyecto".
Los ecologistas destacan que el trazado del tren se diseñe de forma anexa a la autopista del sur, y que se separe hasta varias centenas de metros de la autopista cuando pasa por suelos naturales.
Ben Magec-Ecologistas en Acción resalta la actitud "hipócrita" del PSC-PSOE ante este proyecto, porque primero lo criticó y más tarde respaldó junto a CC y PP, y critica el elevado coste que supondrá su construcción, proponiendo en su lugar un eficaz servicio de guaguas (autobuses) y emplear el tercer carril como de "sólo guagua".

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